โรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา 6 ตั้งอยู่ที่ 104 หมู่ 1 ต.หนองสะเดา อ.สามชุก จ.สุพรรณบุรี มีเนื้อที่ 52 ไร่ 1 งาน 60 ตารางวา ด้วยมีราษฎรบ้านใหม่ศรีสุพรรณ โดยการนำของนายวน มีชะนะ และ นายหอม ลุ่มล่า ได้ยื่นหนังสือขอจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้นที่บ้านใหม่ศรีสุพรรณ โดยมีพระครูสมุห์จันทร์ เจ้าอาวาสวัดใหม่ ศรีสุพรรณ ยินดียกที่ดินของวัดให้ จำนวน 12 ไร่ 87 ตารางวา เป็นสถานที่ ก่อสร้าง โรงเรียน แต่เนื่องจากจำนวน ที่ดินยังไม่พอ ตามเกณฑ์ ของ กรมสามัญศึกษา ซึ่งต้องให้มีเนื้อที่ 35 ไร่ ขึ้นไปประกอบกับขณะนั้น ฯพณฯ บรรหาร ศิลปอาชา รัฐมนตรีว่าการ กระทรวงมหาดไทยสมัยนั้น มีดำริที่จะสร้างโรงเรียนมัธยมขึ้น ทางอำเภอ จึงเสนอให้ ฯพณฯ พิจารณาต่อมา ฯพณฯ บรรหาร และคุณหญิงแจ่มใส ศิลปอาชา ได้เดินทางมาดูสถานที่ที่จะสร้างโรงเรียนและได้ ติดต่อขอซื้อที่ดินใกล้วัดใหม่ศรีสุพรรณให้อีก 22 ไร่ 73 ตารางวา จากนายสุชาติ มีชะนะ นายชลอ มีชะนะ และ นายเสริม สำเภาทอง ในราคาไร่ละ 30,000 บาท รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 632,250 บาท
วันที่ 28 มีนาคม 2534 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา 6 ต.หนอง สะเดา อ.สามชุก จ.สุพรรณบุรี ขึ้น ในระยะแรก ศึกษาธิการจังหวัดสุพรรณบุรี นายโชติ แย้มแสง ได้แต่งตั้งให้ นายปรารมภ์ จำปาศรี ศึกษาธิการอำเภอสามชุก เป็นผู้ประสานงานรับสมัคร นักเรียนชั้น ม.1 ตั้งแต่วันที่ 25 – 31 มีนาคม 2534
              วันที่ 1 มิถุนายน 2534 กระทรวงศึกษาธิการ ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายเชิดศักดิ์ ศุภโสภณ ผู้ช่วยอาจารย์ ใหญ่โรงเรียนสรวงสุทธาวิทยา ปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา 6 เปิดทำการสอนตั้งแต่ วันที่ 14 พฤษภาคม 2534 โดยได้รับความอนุเคราะห์จาก ครู – อาจารย์ โรงเรียนสามชุกรัตนโภคาราม มาช่วยสอน 7 ท่าน โรงเรียนสรวงสุทธาวิทยา 2 ท่าน โรงเรียนทุ่งแฝกพิทยาคม 1 ท่าน รวมครู – อาจารย์ที่มาช่วยสอน 10 ท่าน มีนักเรียนทั้งสิ้น 78 คน เป็นชาย 38 หญิง 40 จำนวน 2 ห้องเรียน
              วันที่ 2 ธันวาคม 2540 นางลั่นทม พุ่มจันทร์ ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา 1 ได้รับ คำสั่งแต่งตั้งให้มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียน จนถึงวันที่ 24 ตุลาคม 2544
              วันที่ 11 ธันวาคม 2544 นายอาทิตย์ ภูมีพัฒน์ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนหนองจอกประชานุสรณ์ จังหวัดอุทัยธานี ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียน จนถึงวันที่
8 ธันวาคม 2547
              วันที่ 9 ธันวาคม 2547 นางวัชราภรณ์ จิตรอนุกูล ผู้อำนวยการโรงเรียนหนองพลับวิทยา จังหวัดประจวบคิรีขันธ์ ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียน และในปี 2549 ได้ทำการเปิดการเรียนการสอนหลักสูตรประกาศนียบัตรวิชาชีพ สาขาคอมพิวเตอร์ธุรกิจ
              วันที่ 14 พฤษภาคม 2553 นายสมเกียรติ กู้เกียรติภูมิ ผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลสมเด็จพระวันรัตได้เดินทางมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ จนถึงวันที่ 13 พฤศจิกายน 2556
              วันที่ 14 พฤศจิกายน 2556 นายขจรวุฒิ สว่างศรี ผู้อำนวยการโรงเรียนทุ่งแฝกพิทยาคม ได้เดินทางมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนจนถึงวันที่ 8 พฤศจิกายน 2559               วันที่ 14 พฤศจิกายน 2559 นางนิลวดี  กวีรัตน์ธำรง ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดบรรไดทอง อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี ได้เดินทางมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน
              ปัจจุบันโรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา 6 มีนักเรียน 410 คน ครูประจำการ 25 คน ครูอัตราจ้าง 2 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน นักการ 3 คน